| 排名 | 球员 | 球队 | 进球数 | 点球数 |
| 1 | 肯佩斯 | 千叶市原 | 22 | 0 |
| 2 | 宇佐美贵史 | 大阪飞脚 | 19 | 0 |
| 3 | 小川庆治朗 | 神户胜利船 | 16 | 0 |
| 3 | 萨比亚 | 枥木SC | 16 | 0 |
| 5 | 克里斯蒂亚诺 | 枥木SC | 16 | 1 |
| 6 | 波波 | 神户胜利船 | 16 | 2 |
| 7 | 津田知宏 | 德岛漩涡 | 14 | 3 |
| 8 | 平繁龙一 | 群马草津温泉 | 13 | 0 |
| 9 | 蒙特拉.莱昂纳多 | 大阪飞脚 | 13 | 2 |
| 10 | 桥本晃司 | 水户蜀葵 | 13 | 3 |
| 11 | 大久保哲哉 | FC横滨 | 12 | 1 |
| 11 | 中岛裕希 | 山形山神 | 12 | 1 |
| 11 | 佐藤洸一 | 长崎成功丸 | 12 | 1 |
| 14 | 林陵平 | 山形山神 | 12 | 3 |
| 14 | D.杜格拉斯 | 德岛漩涡 | 12 | 3 |
| 14 | 原一树 | 京都不死鸟 | 12 | 3 |
| 17 | 铃木隆行 | 水户蜀葵 | 12 | 7 |
| 18 | 石津大介 | 福冈黄蜂 | 11 | 0 |
| 18 | 苔口卓也 | 富山胜利 | 11 | 0 |
| 20 | 高原直泰 | 东京日视 | 11 | 2 |
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