穆罕默德·埃尔内尼出出道于阿赫利足球俱乐部的青年队,随后他转会投奔了阿赫利在埃及联赛的死敌莫卡伍伦俱乐部,在那里他和穆罕默德·萨拉赫一起进入了球队的一线队,他同萨拉赫的关系亲如兄弟。
巴塞尔
2013年1月埃尔内尼租借加盟瑞超班霸巴塞尔,自从加盟巴塞尔以来,埃尔内尼就成为了球队的主力。2013年7月,埃尔内尼正式转会巴塞尔。埃尔内尼在巴塞尔度过了三年职业生涯,联赛出场超过90次,并连续三次赢得瑞士超级联赛的冠军。2015-16赛季上半段,他在巴塞尔的各项比赛中共出场28次,攻入6个进球。
阿森纳
2016年1月14日,阿森纳官方宣布正式签下埃及中场埃尔内尼,据英国媒体的消息,这名球员的转会费是500万英镑。埃尔内尼加盟阿森纳后在后腰的位置上表现出色,并且在客场对阵巴塞罗那的欧冠1/8决赛中打入一粒精彩的远射。
这位埃及国脚证明了自己不只有出众的远射,还有勤奋的跑动和优秀的串联能力。在阿森纳官网投票中,埃尔内尼获得了31.6%的选票,获得俱乐部3月月度最佳球员的奖项。而在一个月之后,埃尔内尼又蝉联了俱乐部4月月度最佳球员的奖项。
可是近两个赛季以来由于阿森纳引进了扎卡,埃尔内尼的出场时间受到影响,出场时间日趋减少,这也影响了他的场上发挥。
2017年7月7日,埃尔内尼打进了他在欧联杯上的第一个进球。
2018年3月26日,埃尔内尼与阿森纳续约。
2019年8月31日,以租借形式加盟贝西克塔斯,2020年8月,租期已满回归阿森纳。
埃及国家队
埃尔内尼曾代表埃及U20国家队出征2011年哥伦比亚U20世界杯,埃及队小组赛以净胜球的劣势不敌巴西队小组第二晋级淘汰赛,1/8决赛被阿根廷队淘汰出局,埃尔内尼4场比赛打满了360分钟。
2012年伦敦奥运会男足比赛,埃尔内尼入选埃及奥运代表队,埃及代表队小组赛第二名晋级淘汰赛,1/4决赛被日本代表队淘汰出局,埃尔内尼4场比赛全部首发出场。
2017年非洲国家杯上,埃尔内尼率领的埃及队闯进了决赛,在决赛中埃尔内尼打进一球,不过埃及队还是以1-2不敌喀麦隆队,痛失冠军。
2018年6月,埃尔内尼入选2018年世界杯埃及大名单。
俱乐部
巴塞尔
瑞士超级联赛冠军:2013、2014、2015
阿森纳
足总杯:2016/17
社区盾杯:2017、2020
国家队
非洲杯亚军:2017