1998年，馬扎里前往那不勒斯，担任雷佐·乌利维埃里的助理教练。2001年，他首次成为主教练，率领阿奇雷亚莱征战意大利足球丙二级联赛。2002年，他成为意大利足球丙一级联赛联赛皮斯托亚的主教练。2003年，他加盟意乙联赛球队利沃诺，并在2003/04赛季帮助球队升级。2004年，他转投意甲球队雷吉纳，帮助球队连续三个赛季保级成功，其中2006/07赛季是在球队被扣除11个联赛积分的情况下取得的。

　　桑普多利亚

　　2007年5月31日，桑普多利亚宣布马扎里成为球队的新任主教练。他的执教理念和能力得到球队核心安东尼奥·卡萨诺的称赞，在2007/08赛季率队获得第六名的好成绩，并得到欧盟杯的参赛资格。他还率队在2008/09赛季意大利杯半决赛两回合总比分3比1击败当时在意大利足坛一枝独秀的国际米兰进入决赛，但在决赛中点球决战不敌拉齐奥屈居亚军。赛季结束后，马扎里和桑普多利亚协商解除合同。

　　那不勒斯

　　2009年10月6日，马扎里接受那不勒斯的邀请，替代被解职的罗伯托·多纳多尼。马扎里在2009/10赛季率领球队获得联赛第六名，赛季结束后获得一份为期三年的新合同。2010/11赛季，乌拉圭前锋埃丁森·卡瓦尼的加盟增加球队的攻击力，那不勒斯更进一步，最终位列联赛第三名，获得2011/12赛季欧洲冠军联赛的参赛资格。2011/12赛季欧冠联赛中，那不勒斯在拥有拜仁慕尼黑和曼城的小组力压曼城出线。在十六强首回合又在主场3比1击败卫冕冠军切尔西，只是在第二回合客场加时赛1比4不敌对手被淘汰出局。在2012年意大利杯决赛，那不勒斯2比0击败尤文图斯夺得冠军。在联赛中，那不勒斯成为唯一一支能威胁到尤文图斯统治地位的球队，最终在2012/13赛季意甲联赛获得联赛亚军。

　　国际米兰

　　2013年5月24日，马扎里接替安德烈·斯特拉马乔尼，担任国际米兰的新任主教练。 2014年11月14日，国际米兰宣布解除马扎里主教练职务。

　　沃特福德

　　2016年5月21日，沃特福德宣布马扎里成为主教练。

　　2017年5月17日，马扎里将会带领沃特福德在英超煞科战后离开沃特福德。

　　都灵

　　北京时间2018年1月4日晚，都灵官推宣布，马扎里将成为球队新任主帅。根据此前媒体的报道，此次马扎里将和都灵签约至2020年。