教练生涯

　　德国名帅

　　1979-80赛季，海因克斯拿起了门兴格拉德巴赫的教鞭。当年他就带领球队打进了欧洲联盟杯的决赛，可惜因为客场进球少而输给了法兰克福。1987-88赛季，海因克斯取代了拉特克入住拜仁，带领拜仁获得过两次德甲冠军，不过由于对球队失去了控制，海因克斯在1990-91赛季中途下课。

　　此后这位名帅开始了自己的漂泊生涯，他先是在西甲的毕尔巴鄂竞技执教了2个赛季，然后回到了法兰克福，但好景不长，在法兰克福中途下课的他又回到了西班牙加盟了特内里费，随后的一个赛季，西甲豪门皇家马德里请来了海因克斯，虽然只短短执教了皇马一个赛季，但海因克斯却获得了他教练生涯中最大的荣誉——他们在1997-98赛季欧洲冠军杯决赛上力克尤文图斯，皇马时隔32年再次获得冠军杯。

　　可惜因为联赛最后3轮的崩盘，曾21轮占据积分榜第一的皇马最终仅获得第三名，海因克斯不得不继续漂泊，在经过了本菲卡、毕尔巴鄂竞技的执教后，海因克斯回到了德国，执教沙尔克04。但是球队的成绩不尽如人意，沙尔克只获得了联赛第七名，第二个赛季打了4轮更是只积3分，海因克斯再次下课。在短暂执教门兴格拉德巴赫之后，海因克斯已是退休状态。

　　梅开二度

　　2008-09赛季下半程赋闲在家的约瑟夫·海因克斯临危受命接替中途下课的克林斯曼成为拜仁慕尼黑的临时主教练，努力帮助德甲豪门走出低谷争取联赛冠军，最终获得当年联赛亚军。

　　约瑟夫·海因克斯2009年7月正式出任勒沃库森队主教练，签约至2011年6月。2010/11赛季带领勒沃库森赢得了联赛亚军。

　　三入拜仁

　　2011年3月25日，海因克斯与拜仁高层鲁梅尼格、卡尔·霍夫纳以及内林格接触，签订了为期2年的合约，直到2013年6月终结。此次换帅风波起源于范加尔被拜仁提前解雇，最终以海因克斯成功入主安联结束。这是海因克斯第三次执教拜仁。

　　2013年5月16日，海因克斯宣布将在赛季结束后退休。

　　2013年6月2日，海因克斯率领拜仁慕尼黑夺得德国杯冠军，完成三冠王伟业。

　　2013年6月4日，海因克斯正式宣布退休。

　　出山救火

　　2017年10月，据《图片报》、《踢球者》以及《天空体育》等多家权威媒体证实，海因克斯将会第4次回到拜仁执教，合同期到本赛季结束。

　　2017年10月6日，德甲豪门拜仁慕尼黑官方宣布72岁的前拜仁主帅海因克斯将复出，接替刚下课的安切洛蒂执教拜仁到赛季结束。