博内拉出生在意大利的布雷西亚，2002年夏天加盟帕尔马，在联赛中表现出色。2006年7月博内拉转会AC米兰，这位25岁的全能后卫与AC米兰签下四年合约。随后多次续约，为米兰的第四队长。由于近几年多有低级失误被米兰球迷视为后防漏勺。2015年9月1日，西甲劲旅比利亚雷亚尔在官网宣布，球队与前米兰球员博内拉达成协议，这位意大利后卫将会身披比利亚雷亚尔的球衣征战西甲。