王建军球员时期曾效力于新世纪，那时候球队还在冲A，他在队中任前锋。

　　退役后王建军在2005-2007年间担任新世纪青年队主教练，2007年他升任一队助教，之后挂帅U17国少队教练，率队出征立陶宛U17世青赛，夺得第七名，平了中国男篮参加该项赛事的最好成绩。

　　2016年王建军出任深圳马可波罗主教练，2017年夏天，王建军率队参加澳门一项热身赛时因不满裁判判罚，带领球队退赛，之后被篮协处罚禁赛一个赛季，2018年9月26日，深圳马可波罗官宣王建军回归球队。